Le thème de l'auto-organisation vient de la théorie des systémes et de la cybernétique dite de second ordre car elle inclut l'observateur dans l'objet observé, introduisant ainsi l'étude des processus autoréférentiels et le rôle de l'auto-organisation. La place de l'auto-organisation qui pouvait se présenter au début comme une simple limite apportée à la volonté de contrôle et de planification, a fini cependant par prendre toute la place et reléguer les apports de la théorie des systèmes et de la cybernétique aux oubliettes, si ce n'est pire, accusées de tous les maux dans leurs prétentions "totalitaires" ! L'idéologie de l'auto-organisation sera vite récupérée par le néolibéralisme avec d'un côté le bien (les marchés auto-régulés, la liberté) et de l'autre le mal (l'Etat, le système, la servitude). On ne peut se passer pourtant du point de vue global, macroscopique (keynésien), qui fait apparaître le système (économique, sanguin ou nerveux) avec la notion essentielle de circuit qui nous totalise, et plus précisément la circulation de matière et d'énergie mais surtout d'information (ou d'argent) qui les contrôle. Il y a donc aussi des limites considérables à l'auto-organisation, différents niveaux, différentes temporalités à prendre en compte.
L'enjeu d'une critique, c'est bien à la fois de sortir d'un certain nombre de confusions sur l'auto-organisation et de reconnaître ses limites mais sans revenir en arrière pour autant, question qui reste posée aux organisations à venir. C'est une question très concrète dans cette phase où les vieilles organisations manifestent leur inadaptation (elles ne savent pas qu'elles sont déjà mortes) mais où les mouvements informels ont montré aussi toutes leurs limites, ne tenant aucune de leurs promesses...